เมื่อวันที่ ๑๖ พฤศจิกายน ๒๕๕๘ นายดอน ปรมัตถ์วินัย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ ได้พบหารือกับนายฟุมิโอะ คิชิดะ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่น ในระหว่างการเยือนกรุงมะนิลา ประเทศฟิลิปปินส์ เพื่อเข้าร่วมการประชุมความร่วมมือทางเศรษฐกิจในภูมิภาคเอเชีย – แปซิฟิก (Asia – Pacific Economic Cooperation — APEC) ระดับรัฐมนตรี ครั้งที่ ๒๗ ระหว่างวันที่ ๑๖ – ๑๗ พฤศจิกายน ๒๕๕๘ ซึ่งเป็นโอกาสอันดีในการกระชับความสัมพันธ์อันแน่นแฟ้นระหว่างไทยและญี่ปุ่นในฐานะมิตรประเทศและหุ้นส่วนเชิงยุทธศาสตร์

          รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่นได้แสดงความเสียใจต่อเหตุระเบิดที่แยกราชประสงค์ พร้อมขอบคุณรัฐบาลไทยที่ให้ความช่วยเหลือชาวญี่ปุ่นที่ประสบเหตุดังกล่าวอย่างเต็มที่ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่นได้แสดงความพร้อมที่จะทำงานอย่างใกล้ชิดกับรัฐบาลไทยในด้านต่าง ๆ เช่น การพัฒนาเขตเศรษฐกิจพิเศษ การลงทุนใน Super Clusters และการลงทุนในโครงสร้างพื้นฐานระบบราง

           รัฐมนตรีว่าการกระทรวงต่างประเทศได้ให้ความเชื่อมั่นในการดูแลนักท่องเที่ยวต่างชาติในไทย ตลอดจนจะมุ่งยกระดับคุณภาพของสภาพแวดล้อมในการทำธุรกิจเพื่อดึงดูดการลงทุนจากต่างประเทศ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงต่างประเทศยังแสดงความมุ่งมั่นของรัฐบาลไทยในการเดินหน้าปฏิรูปอย่างรอบด้านเพื่อวางรากฐานการพัฒนาประเทศอย่างยั่งยืน และจะขยายความร่วมมือกับญี่ปุ่นในสาขาที่มีศักยภาพ อาทิ ความร่วมมือด้านการศึกษา ความร่วมมือด้านวิทยาศาสตร์เทคโนโลยี ความร่วมมือด้านสินค้าเกษตร เป็นต้น

           นอกจากนี้ ทั้งสองฝ่ายแสดงความยินดีที่ความสัมพันธ์ระหว่างกันเป็นไปอย่างสร้างสรรค์ และเห็นพ้องที่จะให้มีการแลกเปลี่ยนการเยือนในระดับสูงระหว่างกันในอนาคตอันใกล้ ทั้งนี้ พลเอก ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี มีกำหนดพบหารือกับนายชินโซ อาเบะ นายกรัฐมนตรีญี่ปุ่นในช่วงการประชุมสุดยอดผู้นำอาเซียน ครั้งที่ ๒๗ ณ กรุงกัวลาลัมเปอร์ ประเทศมาเลเซีย ขณะที่นายสมคิด จาตุศรีพิทักษ์ รองนายกรัฐมนตรี จะเดินทางเยือนประเทศญี่ปุ่นอย่างเป็นทางการในวันที่ ๒๕ – ๒๘ พฤศจิกายน ๒๕๕๘