เมื่อวันที่ ๑๓ พฤษภาคม ๒๕๖๓ เวลา ๑๔.๐๐ – ๑๔.๔๐ น. (ตามเวลาประเทศไทย) นายดอน ปรมัตถ์วินัย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศได้หารือทางโทรศัพท์กับนายโมเทกิ โทชิมิทสึ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่นตามการทาบทามของฝ่ายญี่ปุ่น โดยเป็นการสนทนากันหลังจากที่ได้พบหารือระหว่างการเยือนไทยอย่างเป็นทางการของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่นเมื่อวันที่ ๗ มกราคม ๒๕๖๓
รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศของทั้งสองฝ่ายได้ย้ำถึงเจตนารมณ์ที่จะร่วมมือกันทั้งในระดับทวิภาคี ภูมิภาคและประชาคมระหว่างประเทศในการแก้ไขสถานการณ์การแพร่ระบาดของไวรัส COVID-19 และการรักษาห่วงโซ่อุปทานการผลิต โดยฝ่ายญี่ปุ่นกล่าวชื่นชมการดำเนินการอย่างมีประสิทธิภาพของรัฐบาลไทยในการควบคุมสถานการณ์ ขณะที่ฝ่ายไทยขอบคุณรัฐบาลญี่ปุ่นสำหรับการจำหน่ายและบริจาคยา Favipiravir (AVIGAN) ให้แก่ไทย และการอนุญาตให้เอกชนญี่ปุ่นปันส่วนหน้ากากอนามัย N-95 ที่ผลิตและวัตถุดิบสำหรับการผลิตหน้ากากเพื่อขายให้แก่ไทย รวมทั้งการให้ความช่วยเหลือในการเคลื่อนย้ายคนไทยในญี่ปุ่นกลับประเทศและและการดูแลคนไทยในญี่ปุ่นเป็นอย่างดี 

           ทั้งสองฝ่ายเห็นความสำคัญของการร่วมมือกันอย่างใกล้ชิดภายหลังสถานการณ์ COVID-19 เพื่อการฟื้นฟูเศรษฐกิจของทั้งสองประเทศและภูมิภาคโดยรวม โดยฝ่ายไทยได้เสนอความร่วมมือด้านการแพทย์และสาธารณสุขรวมถึงด้านการวิจัยพัฒนาและการลงทุนของเอกชนญี่ปุ่นในการจัดตั้งโรงงานผลิตวัคซีนป้องกันโรคและเครื่องมือแพทย์สมัยใหม่ในไทย ความมั่นคงทางอาหาร การส่งเสริม SME/Startup ที่มีนวัตกรรม การส่งเสริมการท่องเที่ยวเชิงการแพทย์ และเกษตรอัจฉริยะ นอกจากนี้ 
ฝ่ายญี่ปุ่นแจ้งความพร้อมให้ความช่วยเหลือทางเทคนิคและเวชภัณฑ์แก่ไทยมูลค่า ๗๗๐,๐๐๐ ดอลลาร์สหรัฐ และให้เงินกู้ฉุกเฉินสร้างเพื่อเสริมสร้างความเข้มแข็งทางเศรษฐกิจไทย

            สำหรับความร่วมมือในระดับภูมิภาค รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศขอบคุณญี่ปุ่นที่ให้การสนับสนุนข้อริเริ่มของไทยในเรื่องการจัดตั้งกองทุนอาเซียนเพื่อรับมือกับ COVID-19 ขณะที่ฝ่ายญี่ปุ่นยืนยันการให้การสนับสนุนไทยสมัครเข้าร่วมเป็นสมาชิกความตกลงที่ครอบคลุมและก้าวหน้าสำหรับหุ้นส่วนทางเศรษฐกิจภาคพื้นแปซิฟิก (Comprehensive and Progressive Agreement of Trans-Pacific Partnership – CPTPP) และ
ความพร้อมที่จะร่วมมือกับไทยภายใต้กรอบแม่โขง – ญี่ปุ่นเพื่อการพัฒนาอนุภูมิภาคลุ่มน้ำโขง