รัฐบาลไทยโดยกรมเจ้าท่ากำลังทบทวนการดำเนินงานด้านการจัดระเบียบกองเรือของทั้งประเทศ โดยนำร่องด้วยการปรับปรุงฐานข้อมูลเรือประมงและระบบการขึ้นทะเบียน และการจัดระเบียบ
การเดินเรือเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการจัดการกองเรือ ซึ่งจะมีส่วนสำคัญในการส่งเสริมการประมงอย่างยั่งยืนและป้องกันการทำประมงผิดกฎหมาย
          กรมเจ้าท่าได้เริ่มต้นด้วยการสะสางข้อมูลทางทะเบียนโดยการเพิกถอนทะเบียนเรือประมง
ที่ขาดต่ออายุเป็นเวลานานแล้วแต่ยังค้างอยู่ในระบบ ทำให้ตัวเลขจำนวนเรือประมงมากเกินความเป็นจริง จากนั้นกรมเจ้าท่าได้ร่วมกับกองทัพเรือและกรมประมงทำการสำรวจเรือประมงพาณิชย์ทั่วประเทศใหม่จำนวน 
๕ รอบ เพื่อทำการวัดขนาดตัวเรือใหม่ให้ถูกต้องและจัดทำเครื่องหมายอัตลักษณ์ประจำเรือ และดำเนินการ
เพิกถอนทะเบียนเรือที่ไม่สามารถนำมาให้สำรวจได้ รวมทั้งได้ประกาศงดจดทะเบียนเรือประมงเป็นระยะเวลาสองปี โดยอาศัยอำนาจตามพระราชกําหนดแก้ไขเพิ่มเติมพระราชบัญญัติเรือไทย พ.ศ. ๒๔๘๑ พ.ศ. ๒๕๖๑​ เพื่อให้มั่นใจได้ว่าเรือประมงในระบบทะเบียนเรือสอดคล้อง​กัน​กับเรือประมงที่มีอยู่จริงและเป็นข้อมูลที่ถูกต้อง และกรมประมงสามารถนำข้อมูลทะเบียนเรือไปพิจารณาการออกใบอนุญาตทำการประมงและจัดสรรทรัพยากรประมงได้อย่างประสิทธิภาพ เพื่อป้องกัน​เรือที่ถูกนำออกไปจากระบบไม่ให้​สามารถ​มาทำการประมงในน่านน้ำไทยอีก 
กรมเจ้าท่าได้มีการจัดชุดปฏิบัติการพิเศษร่วมกับเจ้าหน้าที่ตำรวจเพื่อติดตามสถานะของเรือประมงที่ถูกแจ้งว่า จมหรือชำรุดจนใช้การไม่ได้ การสำรวจซากเรือและเรือที่ถูกตรึงพังงาตามท่าเรือและลำน้ำต่าง ๆ เพื่อกำจัดออกจากระบบหากไม่พบเจ้าของเรือ
          กรมเจ้าท่า​ได้​วางมาตรการป้องกันหลายด้านเพื่อไม่ให้เรือผิดกฎหมายกลับเข้ามาในระบบ
ได้อีก เช่น​ การ​จัด​ทำ​รายชื่อ​ชื่อ​เรือที่​ถูก​ต้อง​ (white list) และ​เรือ​ที่​ต้อง​เฝ้า​ระวัง​ (watch​ list) ส่ง​ให้​ท่า​เรือ​ต่าง​ ๆ ​เพื่อ​ใช้​ใน​การ​ตรวจสอบ​เรือ​ที่​เทียบ​ท่า​ การ​ส่ง​ watch​ list ให้ศูนย์ควบคุมการแจ้งเข้า-ออกเรือประมง (PIPO) 
เพื่อ​ประเมิน​ความ​เสี่ยง​และ​เพิ่ม​โอกาส​ใน​การ​เข้า​ไป​ตรวจ​เรือ​ และ​การนำ​ watch list มา​ตรวจสอบ​กับ​เรือ​ที่​ขอ​จด​ทะเบียน​ใหม่​ เป็น​ต้น​
          ในส่วนของการควบคุมการใช้เรือประมง กรมเจ้าท่าเข้ามามีบทบาทในการควบคุมเรือ
ที่กรมประมงไม่ออกใบอนุญาตทำการประมงให้ หรือขอให้กรมเจ้าท่าถอนทะเบียนเรือ โดยกรมเจ้าท่าจะดำเนินการล็อกเรือไม่ให้เรือเหล่านั้นสามารถออกไปทำการประมงได้ และ​กรมเจ้าท่ายังได้ให้ความร่วมมือกับพนักงานเจ้าหน้าที่ของหน่วยงานภาครัฐต่าง ๆ ที่จับกุมเรือประมงและออกคำสั่งกักเรือ โดยทำการล็อกเรือประมงเหล่านี้ให้ในระหว่างการดำเนินคดีด้วย นอกจากนี้ กรมเจ้าท่าได้ออกข้อบังคับกำหนดให้เรือทุกลำขนาดตั้งแต่ ๖๐ ตันกรอสขึ้นไป รวมทั้งเรือประมงและเรือโดยสาร ต้องติดตั้งระบบติดตามเรือ AIS จากเดิม
ที่กำหนดเฉพาะเรือที่รองรับผู้โดยสารเกิน ๒๕ คนขึ้นไปเท่านั้น ซึ่งเป็นกลไกหนึ่งในการเฝ้าระวังการทำประมง
ผิดกฎหมาย
          กรมเจ้าท่าได้​ทำการ​ปรับปรุง​ระบบ​ฐานข้อมูล​ ​ทวน​สอบ​ความ​ถูกต้อง​ของ​ข้อมูล​ และ​ได้​ใช้​ระบบ​ Business Intelligence ในการจัดการ​ประมวลผล​ข้อมูลทางทะเบียนของเรือประมง​ ทำให้ปัจจุบันข้อมูล​เรือประมงพาณิชย์ในระบบทะเบียนเรือของกรมเจ้าท่าตรงกับข้อมู​ลใบอนุญาตทำการประมงของกรมประมง 
ซึ่งมีจำนวน​ทั้งหมด​ ๑๐,๓๓๙​ ลำ สามารถสืบค้นข้อมูลสถานะของเรือได้อย่างรวดเร็ว ในขณะที่เรือที่ไม่ได้รับอนุญาตหรือถูกดำเนินคดีก็มีกลไกการควบคุมไม่ให้ออกไปจับปลาได้
          กรมเจ้าท่ามีแผนที่จะปฏิรูปการจัดการกองเรือในความดูแลของกรมเจ้าท่าให้เกิดความยั่งยืน โดยจะนำมาตรการและเทคโนโลยีต่าง ๆ มาใช้ เริ่มจากการเปลี่ยนระบบการกำหนดหมายเลขอัตลักษณ์ของ
เรือใหม่ให้บ่งชี้ถึงที่มาของเรือได้อย่างชัดเจน จัดทำระบบการขึ้นทะเบียนอู่ต่อเรือ ท่าเรือ เชื่อมโยงข้อมูลให้สามารถระบุตัวตนของเรือได้อย่างรวดเร็ว โดยอู่ต่อเรือต้องรายงานให้กรมเจ้าท่าทราบก่อนการต่อเรือใหม่ทุกลำ จากนั้นกรมเจ้าท่าจะทำการติดตั้งแผ่นป้ายทะเบียนเรือใหม่ทั้งหมด เพื่อแสดงหมายเลขอัตลักษณ์และข้อมูลสำคัญ โดยมีระบบป้องกันการปลอมแปลงด้วย และ​เพื่อให้เกิดความสะดวกในการระบุตัวเรือ จะมีการกำหนดสีของเก๋งเรือให้แตกต่างกันตามเขตเมืองท่าจดทะเบียนเพื่อให้สามารถสังเกตและตรวจสอบได้จากระยะไกล 
โดยจะดำเนินการนำร่องใช้ระบบนี้กับเรือประมงในช่วงต้นปี ๒๕๖๒ ก่อนจะขยายผลไปยังเรือประเภทอื่นต่อไป
          นอกจากนี้ กรมเจ้าท่ายังมีแผนจะจัดระเบียบการเดินเรือภายในประเทศ โดยจัดตั้ง
ศูนย์ควบคุมดูแลและกำกับการเดินเรือให้กระจายตามจังหวัดต่าง ๆ จากเดิมที่มีศูนย์ควบคุมเพียงแห่งเดียว
ที่จังหวัดชลบุรี ยกระดับขีดความสามารถของกรมเจ้าท่าในการควบคุมการเดินเรือในน่านน้ำไทยทั้งหมด ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งควบคุมการทำประมงให้ถูกต้องตามกฎหมายและควบคุมการจราจรทางน้ำให้มีความครอบคลุมและ
มีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น
          ใน​เวที​อาเซียน ​ประเทศไทย​โดย​กรมเจ้าท่า​ได้​ริเริ่ม​แนว​ทาง​การ​ใช้​ความ​ร่วม​มือ​ระหว่าง​ประเทศ​เพื่อ​แลกเปลี่ยน​ข้อมูล​การจด​ทะเบียน​เรือ​เพื่อ​ควบคุม​การ​โอนกรรมสิทธิ์​เพื่อ​ยืนยัน​ว่า​ได้​มี​การ​ซื้อ​ขาย​เรือ​ประมงและ​จดทะเบียน​ใหม่​อย่าง​ถูกต้อง​ไม่​ไป​สร้าง​ปัญหา​การ​ทำ​ประมง​ผิด​กฎหมาย​
          ที่ผ่านมา กรมเจ้าท่าได้ให้ความสำคัญต่อการดำเนินการจัดระเบียบกองเรืออย่างเร่งด่วนและจริงจัง โดยเฉพาะเรือประมง ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของมาตรการสำคัญในการแก้ไขปัญหาการทำประมงผิดกฎหมาย 
ขาดการรายงาน และไร้การควบคุม (IUU) เพื่อให้เกิดความสมดุลในการจัดสรรทรัพยากรสัตว์น้ำ รวมทั้งมุ่งมั่น
ที่จะปฏิรูปการจัดการกองเรือไทยอย่างยั่งยืนเพื่อยกระดับความปลอดภัยในการเดินเรือและลดการก่อมลพิษ
จากเรือเพื่อคุณภาพชีวิตที่ดีของคนไทย