นับตั้งแต่ไทยปฏิรูปภาคการประมงมาตั้งแต่ปี ๒๕๕๘  รัฐบาลไทยได้ดำเนินความพยายามอย่างยิ่งยวดในการจัดระเบียบกองเรือประมงซึ่งมีอยู่มากกว่า ๕๐,๐๐๐ ลำ โดยในช่วงปี ๒๕๕๘ – ๒๕๖๐ กรมเจ้าท่า กรมประมง และศูนย์บัญชาการแก้ไขปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมาย (ศปมผ.) ได้ผนึกกำลังภายใต้ชุดเฉพาะกิจร่วมกันดำเนินการสำรวจเรือประมงทุกลำ ทุกขนาด ทุกประเภททั่วประเทศ รวมทั้งสิ้น ๓ รอบ เพื่อให้ได้ข้อมูลจำนวนเรือประมงทั้งหมดที่ถูกต้องและชัดเจน โดยในการสำรวจแต่ละครั้งนั้น ได้มีการตรวจวัดขนาดเรือประมงเทียบกับทะเบียนเรือ ตรวจประเภทของเครื่องมือทำการประมงเทียบกับใบอนุญาต ตรวจสอบการติดตั้งระบบติดตามเรือประมง (VMS) และการตรึงอุปกรณ์มิให้ถูกเคลื่อนย้าย จัดทำเครื่องหมายอัตลักษณ์ประจำเรือ การจัดเก็บข้อมูลภาพถ่ายของเรือ และรวบรวมเป็นฐานข้อมูลอิเล็กทรอนิกส์สำหรับเรือประมง ทำให้การตรวจสอบทำได้อย่างสะดวกรวดเร็ว และทำให้หน่วยงานต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องสามารถเชื่อมโยงและแลกเปลี่ยนข้อมูลได้ง่ายขึ้น ทำให้การบริหารจัดการกองเรือประมงมีประสิทธิภาพมากขึ้น

ณ ปัจจุบัน ไทยมีโครงสร้างกองเรือดังนี้ (๑) เรือประมงพาณิชย์ในน่านน้ำขนาด ๑๐ ตันกรอสขึ้นไปจำนวนประมาณ ๑๑,๐๒๖ ลำ โดยเป็นเรือที่มีขนาด ๓๐ ถึงน้อยกว่า ๖๐ ตันกรอส ประมาณ ๓,๓๐๐ ลำ และ ๖๐ ตันกรอสขึ้นไปประมาณ ๒,๘๐๐ ลำ (๒) เรือประมงพื้นบ้านประมาณ ๒๗,๙๓๐ ลำ รวมเรือสองกลุ่มแรกนี้เป็นจำนวนประมาณ ๓๘,๙๕๖ ลำ เมื่อเทียบกับจำนวน ๕๐,๐๒๓ ลำ ในปี ๒๕๕๘ เท่ากับจำนวนลดลงไปร้อยละ ๒๒ และ (๓) เรือนอกน่านน้ำจำนวน ๑๕ ลำ ลดลงจาก ๗๖ ลำ ในปี ๒๕๕๘

ทั้งนี้ เรือที่มีขนาด ๓๐ ตันกรอสขึ้นไป รวมประมาณ ๖,๐๐๐ ลำ ต้องติดตั้งอุปกรณ์ VMS ตามกฎหมาย ซึ่งจะมีการติดตามเฝ้าระวังโดยศูนย์ติดตามและควบคุมเรือประมง (FMC) โดยขณะนี้มีเจ้าหน้าที่ตำรวจ ๑๓ นาย ปฏิบัติหน้าที่เต็มเวลาตั้งแต่วันที่ ๑ ก.พ. ที่ผ่านมา เพื่อเฝ้าระวังการทำประมงผิดกฎหมายของเรือเหล่านี้

ขณะนี้ กรมเจ้าท่ายังคงทำการสำรวจเรือรอบต่อไปอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะกลุ่มเรือที่มีแจ้งว่า จม ชำรุด ถูกทำลาย ถูกกักหรือถูกขายไปยังต่างประเทศ หรือถูกเปลี่ยนวัตถุประสงค์การใช้งานไปแล้ว โดยได้มีการติดตามไปถึงบ้านของเจ้าของเรือ รวมถึงประสานไปยังประเทศต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง เพื่อขอให้ช่วยตรวจสอบสถานะเรือกลุ่มนี้อีกทางด้วย โดยไทยจะติดตามจนถึงที่สุดว่าเรือเหล่านี้ยังมีอยู่จริงหรือไม่ และอยู่ที่ใด เพื่อให้มั่นใจว่าเรือเหล่านี้จะไม่มีทางไปลักลอบทำประมงผิดกฎหมาย

นอกจากการสำรวจเรือประมงทั้งหมดแล้ว ไทยยังได้สำรวจเรือประเภทอื่น ๆ ที่สนับสนุนการทำประมงด้วย ได้แก่ เรือขนถ่ายประมง เรือบรรทุกห้องเย็นประมง เรือบรรทุกน้ำมันและน้ำจืดที่ใช้กับเรือประมง รวมทั้งได้นำเรือเหล่านี้เข้ามาอยู่ภายใต้การควบคุมโดยกำหนดให้ต้องมาจดทะเบียนกับกรมประมงอย่างถูกต้องด้วย ในการสำรวจดังกล่าว หากพบเรือประมงที่ถูกเพิกถอนทะเบียนเรือไปแล้วและไม่มีใบอนุญาตทำประมง รวมทั้งเรือสนับสนุนการทำประมงที่ไม่ได้มาจดทะเบียนอย่างถูกต้อง จะถูกควบคุมโดยการล็อกเรือ ทาสี และทำเครื่องหมายบนเรือ พร้อมบันทึกข้อมูลดังกล่าวในฐานข้อมูลกองเรือ เพื่อให้ทราบถึงจุดจอดเรือและติดตามตรวจสอบเรือเป็นระยะ ปัจจุบันมีเรือที่ถูกล็อกทั้งสิ้นประมาณ ๑,๑๖๐ ลำ

สำหรับเรือประมงส่วนเกิน ทางการไทยมีมาตรการจำกัดออกจากระบบ โดยผ่านการควบรวมใบอนุญาต การแลกเปลี่ยนเรือ การซื้อเรือคืน และการควบคุมเรือเข้า-ออก โดยจะนำเรือที่ผ่านมาตรการเหล่านี้ไปทำลายเพื่อเอาออกจากระบบอย่างถาวร

นอกจากนี้  กรมเจ้าท่าอยู่ระหว่างการปรับปรุงกฎหมายที่เกี่ยวข้อง ๒ ฉบับ ได้แก่ พ.ร.บ. เรือไทย และ พ.ร.บ. การเดินเรือ ให้สอดคล้องกับ พ.ร.ก. การประมง พ.ศ. ๒๕๕๘ โดยมีเป้าหมาย (๑) ปรับปรุงสภาพเรือและความปลอดภัยของเรือประมงให้ได้มาตรฐานสากล (๒) ยกระดับมาตรการควบคุมเรือเข้า-ออกตามมาตรการควบคุมของรัฐเมืองท่าผ่านระบบอิเล็กทรอนิกส์ ซึ่งเป็นฐานข้อมูลเชื่อมโยงกันระหว่างกรมศุลกากร กรมเจ้าท่า และกรมประมง ทำให้กำกับดูแลเรือที่เข้ามาในน่านน้ำไทยได้มีประสิทธิมากยิ่งขึ้น และ (๓) ยกระดับการควบคุมและกำกับดูแลผู้ทำการในเรือประมง โดยพัฒนามาตรการควบคุมและขึ้นทะเบียนผู้ทำการในเรือประมง เพื่อให้สามารถตรวจสอบการทำงาน การจ้างงานของผู้ทำการเรือประมงได้ตามมาตรฐานสากล