เมื่อวันที่ ๑ พฤษภาคม ๒๕๕๙ นายดอน ปรมัตถ์วินัย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศได้พบหารือกับนายฟุมิโอ คิชิดะ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่น ที่กระทรวงการต่างประเทศ

ในระหว่างการหารือดังกล่าว รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศได้แสดงความเสียใจในนามของประชาชนชาวไทย ต่อผู้ที่ประสบภัยแผ่นดินไหวที่จังหวัดคุมะโมะโตะเมื่อช่วงสงกรานต์ที่ผ่านมา ซึ่งรัฐบาลไทยได้มอบเงินช่วยเหลือแก่ญี่ปุ่นเบื้องต้นเป็นจำนวน ๑๐ ล้านเยน นอกจากนี้ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศยังได้ชี้แจงถึงความคืบหน้าการดำเนินการตามโรดแมปของรัฐบาล ซึ่งฝ่ายญี่ปุ่นได้แสดงความเข้าใจและสนับสนุนให้ไทยมีประชาธิปไตยที่มั่นคงและยั่งยืน

ทั้งสองฝ่ายได้หารือกันในประเด็นที่มีความคืบหน้าเป็นรูปธรรมในหลายด้าน ในด้านความร่วมมือทางเศรษฐกิจ โดยเฉพาะเรื่องระบบรางรถไฟ ซึ่งผลการศึกษารถไฟความเร็วสูงในเส้นทางกรุงเทพฯ-เชียงใหม่และเส้นทางแนวระเบียงเศรษฐกิจทางตอนใต้ (Southern Economic Corridor) จะเสร็จสมบูรณ์ในปลายปีนี้ รวมถึงเรื่องความร่วมมือด้านสินค้าเกษตรซึ่งทั้งสองฝ่ายได้มีการอนุญาตการนำเข้าผลไม้ระหว่างกันเพิ่มเติม

นอกจากประเด็นความร่วมมือทวิภาคีแล้ว ทั้งสองฝ่ายยังได้หารือเกี่ยวกับความร่วมมือในกรอบพหุภาคีและประเด็นระหว่างประเทศในหลายประเด็น โดยทั้งสองฝ่ายได้แสดงความพร้อมที่จะร่วมมือเพื่อแก้ไขปัญหาความท้าทายด้านความมั่นคงของโลก ทั้งการก่อการร้าย การแพร่กระจายของอาวุธนิวเคลียร์ และปัญหาความมั่นคงทางทะเล โดยไทยได้ชื่นชมบทบาทของญี่ปุ่นในฐานะประธาน G7 และสมาชิกของคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติ นอกจากนี้ ไทยยังได้แสดงความพร้อมของไทยในฐานะประธานกลุ่ม G77 ที่จะร่วมมือกับญี่ปุ่นในการยกระดับชีวิตความเป็นอยู่ของประเทศกำลังพัฒนา และผลักดันเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน (Sustainable Development Goals - SDGs) ของสหประชาชาติให้ประสบความสำเร็จ

รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศทั้งสองยังได้หารือในประเด็นความมั่นคงบนคาบสมุทรเกาหลีและปัญหาทะเลจีนใต้ ซึ่งฝ่ายไทยได้ยืนยันกับญี่ปุ่นว่า ไทยจะสนับสนุนประชาคมโลกอย่างเต็มที่ในการใช้วิถีทางทางการทูตเพื่อนำมาซึ่งความมั่นคงบนคาบสมุทรเกาหลี ส่วนปัญหาทะเลจีนใต้นั้น ไทยก็ติดตามพัฒนาการอย่างใกล้ชิด และสนับสนุนให้ทุกฝ่ายที่เกี่ยวข้องใช้ความยับยั้งชั่งใจและนำการทูตเข้าไปเป็นเครื่องมือในการแก้ปัญหา

ภายหลังการหารือ ทั้งสองฝ่ายได้ลงนามบันทึกแสดงเจตจำนง (Memorandum of Intent - MOI) ว่าด้วยการส่งเสริมความร่วมมือในสาขาเกษตรและสาขาอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องระหว่างรัฐบาลไทย-ญี่ปุ่น ซึ่งจะนำไปสู่การจัดตั้งกลไกหารือระดับสูงระหว่างกระทรวงเกษตรของทั้งสองฝ่าย เพื่อขับเคลื่อนความร่วมมือทั้งในด้านการพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ มาตรการสุขอนามัยและสุขอนามันพืช (Sanitary and Phytosanitary Measures - SPS) อุตสาหกรรมยางพารา การบริหารจัดการน้ำ และการนำเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร มาใช้ในภาคการเกษตรของไทยด้วย

นายฟุมิโอะ คิชิดะ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่น เดินทางเยือนประเทศไทยเป็นเวลา ๒ วัน ในฐานะแขกของกระทรวงการต่างประเทศ โดยมีกำหนดเข้าเยี่ยมคารวะพลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี และนายสมคิด จาตุศรีพิทักษ์ รองนายกรัฐมนตรี ในวันที่ ๒ พฤษภาคม ๒๕๕๙