เมื่อวันที่ ๑๑ มีนาคม ๒๕๕๙ นายอภิชาติ ชินวรรโณ ปลัดกระทรวงการต่างประเทศ ได้เดินทางเยือนญี่ปุ่นเพื่อเข้าร่วมการประชุมหุ้นส่วนการเมืองไทย – ญี่ปุ่น (Japan – Thailand Political Partnership Consultations: JTPPC) ครั้งที่ ๖ ร่วมกับนายชินซุเคะ ซุกิยะมะ รองปลัดกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่น เพื่อหารือความร่วมมือทวิภาคี และการส่งเสริมบทบาทร่วมกันระหว่างไทยกับญี่ปุ่นในเวทีระหว่างประเทศและในภูมิภาค โดยในโอกาสนี้ ปลัดกระทรวงการต่างประเทศได้เข้าเยี่ยมคารวะนายฮิโระโตะ อิซุมิ ที่ปรึกษานายกรัฐมนตรีญี่ปุ่น นายเซจิ คิฮะระ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่น และนายเซจิ คิฮะระ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่น นอกจากนั้น ได้พบหารือกับนายอะคิทะกะ ไซคิ ปลัดกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่นด้วย