เมื่อวันที่ ๑๑ มีนาคม ๒๕๕๙ นายอภิชาติ ชินวรรโณ ปลัดกระทรวงการต่างประเทศ เป็นหัวหน้าคณะผู้แทนฝ่ายไทย เพื่อเข้าร่วมการประชุมหุ้นส่วนการเมืองญี่ปุ่น – ไทย (Japan - Thailand Political Partnership Consultations - JTPPC) ครั้งที่ ๖ ร่วมกับนายชินซุเคะ สุกิยะมะ รองปลัดกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่น ฝ่ายการเมือง ณ กรุงโตเกียว ประเทศญี่ปุ่น

          ทั้งสองฝ่ายได้แลกเปลี่ยนข้อมูลและข้อคิดเห็นเพื่อส่งเสริมความร่วมมือทวิภาคีต่างๆ อาทิ ประเด็นการแลกเปลี่ยนการเยือนในทุกระดับ ความร่วมมือด้านเศรษฐกิจที่สำคัญ อาทิ การเกษตร การพัฒนาโครงสร้างพื้นฐาน รวมทั้ง ประเด็นการทหารและความมั่นคง ทั้งสองฝ่ายเห็นพ้องว่า ทิศทางความร่วมมือระหว่างไทยและญี่ปุ่นในอนาคต ควรเน้นเพื่อการพัฒนาภูมิภาคลุ่มน้ำโขง และยังได้หารือเกี่ยวกับสถานการณ์ในภูมิภาคและประเด็นระหว่างประเทศที่สำคัญซึ่งเป็นผลประโยชน์ร่วมกัน อาทิ ความร่วมมือ ในกรอบอาเซียนและองค์การสหประชาชาติ สถานการณ์ในทะเลจีนใต้และคาบสมุทรเกาหลีด้วย 

          นอกจากนี้ ปลัดกระทรวงการต่างประเทศยังได้เข้าเยี่ยมคารวะและหารือกับนายเซอิจิ คิฮะระ รัฐมนตรี  ช่วยว่าการกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่น นายฮิโระโตะ อิซุมิ ที่ปรึกษาพิเศษด้านเศรษฐกิจของนายกรัฐมนตรีญี่ปุ่น และนายอะคิทะคะ ไซคิ ปลัดกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่น โดยทั้งสองฝ่ายเห็นพ้องกันว่าความสัมพันธ์ไทย - ญี่ปุ่นมีความใกล้ชิดกันในทุกระดับ โดยในปี ๒๕๕๙ นี้ จะร่วมกันผลักดันให้มีการแลกเปลี่ยนการเยือนในทุกระดับมากยิ่งขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งในระดับสูง เพื่อรักษาและต่อยอดพลวัตความร่วมมือในทุกด้าน

          อนึ่ง การประชุม JTPPC เป็นกรอบการหารือประจำปีในระดับเจ้าหน้าที่อาวุโสระหว่างไทยกับญี่ปุ่น ซึ่งมีวัตถุประสงค์ให้ทั้งสองฝ่ายได้หารือเพื่อทบทวนแนวทางและผลักดันความร่วมมือในกรอบต่างๆ ทั้งในระดับทวิภาคี ระดับภูมิภาค และระดับระหว่างประเทศ ทั้งนี้ ไทยและญี่ปุ่นจะฉลองการสถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตครบรอบ ๑๓๐ ปี ในปี ๒๕๖๐ โดยทั้งสองฝ่ายอยู่ระหว่างหารือเพื่อจัดกิจกรรมส่งเสริมความสัมพันธ์ในโอกาสดังกล่าวด้วย ซึ่งจะจัดทั้งในไทยและที่ญี่ปุ่น