ปลัดกระทรวงการต่างประเทศมุ่งกระชับความร่วมมือไทย-ญี่ปุ่นในกรอบทวิภาคี อนุภูมิภาคลุ่มน้ำโขง ภูมิภาคและอาเซียน เพื่อเร่งฟื้นฟูเศรษฐกิจหลังการแพร่ระบาดโควิด-๑๙ และเร่งรัดจัดทำข้อตกลงความร่วมมือช่องทางพิเศษ (Special Arrangement) เพื่ออำนวยความสะดวกในการเดินทางระยะสั้นให้แก่นักธุรกิจ วิศวกร และผู้เชี่ยวชาญของทั้งสองประเทศ ในการหารือกับนายนาชิดะ คาซูยะ เอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำประเทศไทย ที่เข้าเยี่ยมคารวะเพื่อแนะนำตัวในโอกาสปลัดกระทรวงการต่างประเทศเข้ารับตำแหน่ง

เมื่อวันที่ ๒๔ พฤศจิกายน ๒๕๖๓ นายธานี ทองภักดี ปลัดกระทรวงการต่างประเทศ ให้การต้อนรับนายนาชิดะ คาซูยะ เอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำประเทศไทย เข้าเยี่ยมคารวะเพื่อแนะนำตัวในโอกาสที่ปลัดกระทรวงการต่างประเทศเข้ารับตำแหน่ง ทั้งสองฝ่ายได้เห็นพ้องที่จะขับเคลื่อนกลไกทวิภาคีเพื่อเสริมสร้างความร่วมมือระหว่างไทยกับญี่ปุ่นที่สำคัญอย่างรอบด้าน อาทิ การประชุมคณะกรรมาธิการร่วมระดับสูงไทย - ญี่ปุ่น (High Level Joint Commission – HLJC) ซึ่งเป็นกลไกหารือระดับสูงด้านเศรษฐกิจ และการประชุม Japan-Thailand Political Partnership Consultations (JTPPC) ซึ่งเป็นการหารือระหว่างปลัดกระทรวงการต่างประเทศของทั้งสองฝ่าย ในโอกาสนี้ เอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำประเทศไทยได้เชิญปลัดกระทรวงการต่างประเทศเยือนญี่ปุ่นภายใต้โครงการ Strategic Exchanges on Practical Level (STEP) ในช่วงเวลาที่ทั้งสองฝ่ายสะดวกในปี ๒๕๖๔ เมื่อสถานการณ์โควิด-๑๙ คลี่คลาย

ปลัดกระทรวงการต่างประเทศแสดงความพร้อมของไทยที่จะร่วมมือกับฝ่ายญี่ปุ่นเพื่อฟื้นฟูเศรษฐกิจจากสถานการณ์การแพร่ระบาดของโควิด-๑๙ โดยได้หารือเกี่ยวกับการเร่งรัดจัดทำข้อตกลงความร่วมมือช่องทางพิเศษ (Special Arrangement) เพื่ออำนวยความสะดวกในการเดินทางระยะสั้นให้แก่นักธุรกิจ วิศวกร และผู้เชี่ยวชาญของทั้งสองประเทศ นอกจากนี้ ญี่ปุ่นยืนยันความพร้อมที่จะสนับสนุนไทยในทุกด้านในการเข้าร่วมเป็นสมาชิกความตกลงหุ้นส่วนทางเศรษฐกิจภาคพื้นแปซิฟิก (Comprehensive and Progressive Agreement for Trans-Pacific Partnership – CPTPP) ด้วย

ปลัดกระทรวงการต่างประเทศได้แลกเปลี่ยนความเห็นในประเด็นความร่วมมือในภูมิภาคและอนุภูมิภาคลุ่มน้ำโขง กับเอกอัครราชทูตญี่ปุ่นฯ โดยฝ่ายญี่ปุ่นได้เชิญนายกรัฐมนตรีเข้าร่วมการประชุมผู้นำญี่ปุ่น - ลุ่มน้ำโขง ที่กรุงโตเกียวในปี ๒๕๖๔ และแสดงความพร้อมที่จะร่วมมืออย่างใกล้ชิดกับไทยในห้วงที่ไทยจะรับหน้าที่เป็นผู้ประสานงานความสัมพันธ์อาเซียน - ญี่ปุ่น ในช่วงปี ๒๕๖๔ - ๒๕๖๗

ทั้งนี้ ทั้งสองฝ่ายสนับสนุนการริเริ่มหารือเพื่อจัดทำสนธิสัญญาว่าด้วยความช่วยเหลือซึ่งกันและกันในเรื่องทางอาญา (Treaty on Mutual Legal Assistance in Criminal Matters – MLAT) ระหว่างไทยกับญี่ปุ่น เพื่อส่งเสริมความร่วมมือในการป้องกันปัญหาอาชญากรรมข้ามชาติอีกด้วย