เมื่อวันที่ ๓๑ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๖๒ นายเจษฎา กตเวทิน รองปลัดกระทรวงการต่างประเทศ และนายชิโร ซะโดะชิมา เอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำประเทศไทย ได้ลงนามในบันทึกช่วยจำว่าด้วยกรอบ ความร่วมมือแบบหุ้นส่วนระหว่างญี่ปุ่นกับไทย ระยะที่สาม (Memorandum on Japan-Thailand Partnership Programme Phase 3 : JTPP3) เพื่อเป็นกรอบการดำเนินงานความร่วมมือเพื่อการพัฒนาให้แก่ประเทศในภูมิภาคต่าง ๆ โดยเฉพาะประเทศสมาชิกอาเซียนและภูมิภาคลุ่มน้ำโขง เพื่อส่งเสริม การรวมตัวของประชาคมอาเซียน แนวคิดเรื่องอินโด-แปซิฟิก ความร่วมมือแม่โขง–ญี่ปุ่นตามกรอบยุทธศาสตร์โตเกียว พ.ศ. ๒๕๖๑ และแผนแม่บทความร่วมมือทางเศรษฐกิจ อิระวดี-เจ้าพระยา-แม่โขง (ACMECS) พ.ศ. ๒๕๖๒ – ๒๕๖๖  รวมทั้งเพื่อสนับสนุนการบรรลุเป้าหมายการพัฒนาอย่างยั่งยืน (SDGs)  ของสหประชาชาติ  โดยประกอบด้วยการร่วมกันจัดหลักสูตรฝึกอบรม การดำเนินโครงการพัฒนา การจัดส่งผู้เชี่ยวชาญ การทำวิจัย และการสนับสนุนทางการเงินเพื่อสนับสนุนการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานแก่ประเทศที่สาม ซึ่งทั้งสองฝ่ายจะร่วมรับผิดชอบค่าใช้จ่าย    โดยยึดหลักความเท่าเทียมกัน โดยมีกลไกการประชุมประจำปีระหว่างกรมความร่วมมือระหว่างประเทศ (TICA) สำนักงานความร่วมมือพัฒนาเศรษฐกิจกับประเทศเพื่อนบ้าน (องค์การมหาชน) (NEDA) กับองค์การความร่วมมือระหว่างประเทศของญี่ปุ่น (Japan International Cooperation Agency -JICA)  เป็นกลไกหลักการดำเนินงาน ภายใต้ JTPP3 

JTTP3 เป็นการสะท้อนเจตนารมณ์ของประเทศไทยและญี่ปุ่นที่จะยกระดับความร่วมมือเพื่อการ   พัฒนาที่มีพื้นฐานจากกรอบความร่วมมือแบบหุ้นส่วนระหว่างไทยและญี่ปุ่นด้านความร่วมมือทางวิชาการ แก่ประเทศที่สาม (JTPP) ระยะที่ ๑ เมื่อ พ.ศ. ๒๕๓๗ และ ระยะที่ ๒ เมื่อ พ.ศ. ๒๕๔๖ และกรอบความร่วมมือแบบหุ้นส่วน (Partnership Arrangement) ระหว่าง JICA และ NEDA เพื่อให้ครอบคลุมความร่วมมือเพื่อ  การพัฒนาอย่างรอบด้านและหลากหลายบนพื้นฐานกลไกและโครงการความร่วมมือที่มีร่วมกันอยู่แล้ว และสามารถตอบสนองสถานการณ์ในปัจจุบันและอนาคต รวมทั้งบูรณาการความร่วมมือระหว่างหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเพื่อให้ความช่วยเหลือเพื่อการพัฒนาของไทยและญี่ปุ่นมีผลในวงกว้าง และเกิดประโยชน์ สูงสุดกับประเทศต่าง ๆ ในภูมิภาค

ในปัจจุบัน ไทยและญี่ปุ่นดำเนินโครงการความร่วมมือแก่ประเทศที่สามภายใต้กรอบแผนความร่วมมือไตรภาคี ระยะ ๓ ปี ระหว่าง พ.ศ. ๒๕๖๑ – ๒๕๖๓ โดยได้ร่วมกันสนับสนุนการจัดฝึกอบรมให้แก่ประเทศที่สาม (Third Countries Training Programme : TCTP) โดยเฉพาะประเทศเพื่อนบ้าน และอาเซียน มีหลักสูตรใน  ๔ สาขา ได้แก่ การพัฒนาทักษะฝีมือแรงงาน การพัฒนาอุตสาหกรรม การพัฒนาผู้พิการ และการพัฒนาเส้นทางคมนาคมระหว่าง ASEAN – BIMSTEC รวมทั้งโครงการไตรภาคีที่ให้ความร่วมมือแก่ประเทศกำลังพัฒนาในภูมิภาคต่าง ๆ ได้แก่ โครงการพัฒนาชุมชนตามหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียงในประเทศเซเนกัล โครงการด้านการป้องกันโรคในสัตว์ การจัดการภัยพิบัติ การพัฒนาการท่องเที่ยว และการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำให้แก่ ประเทศเมียนมา และโครงการพัฒนาด้านการท่องเที่ยวให้แก่ปาเลสไตน์